少年亚连·沃克，作为驱魔师，与企图毁灭世界的千年伯爵及其恶魔军团战斗。
为了向夺取自己48个器官的魔神复仇，百鬼丸与多罗罗一起踏上斩杀魔神的旅途。
爱德华和阿尔冯斯兄弟二人，为了找回失去的一切，在旅途中寻找贤者之石，揭示世界的真相。